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乳腺科
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针对各种乳腺疾病进行诊断和治疗，技术力量雄厚，拥有现代还乳腺检查仪器：如乳腺钼靶检查仪、乳腺诊断治疗仪、光电离子治疗仪、红光治疗仪等先进医疗设备。
妇科
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妇产科是我院重点发展科室，拥有雄厚的技术力量，诊疗设备齐全，人员配制合理，工作作风严谨。科室连续多年获北京市助产及计划生育服务职业许可证，是空军计划生育、优生优育技术指导中心，2001年被海淀区卫生局评为“妇幼保健工作先进单位”。
泌尿科
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泌尿外科是一个集医疗、科研、教学、保健为一体的重医疗质量，倡优质服务，开拓创新的专科。对泌尿系肿瘤、结石、结核和泌尿系感染等使用先进技术进行诊断和治疗。能够开展肾移植、肾癌、膀胱癌、前列腺癌、睾丸癌根治肾上腺肿瘤切除、尿道整形术等。
心胸外科
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心胸外科为空军心血管外科研究中心，技术力量雄厚，采用先进的手术方案治疗房室间隔缺损、动脉导管未闭、法乐氏四联症等先天性心脏病和二尖瓣狭窄并关闭不全、主动脉瓣关闭不全等风湿性心脏病，以及肺癌、食道癌纵隔肿瘤等疑难重症疾病，其中冠状动脉搭桥。
不孕不育科
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空军航空医学研究所附属医院不孕症诊疗专科与全国多家计划生育科研单位联系，实现了医疗远程服务及资源共享。专科独立引进进口数码电子阴道镜、宫-腹腔镜系统等先进的实验室检测设备，快速、科学、准确地检测出各种不孕症病因。引进革命性突破国际新技术。
心胸外科
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心胸外科为空军心血管外科研究中心，技术力量雄厚，采用先进的手术方案治疗房室间隔缺损、动脉导管未闭、法乐氏四联症等先天性心脏病和二尖瓣狭窄并关闭不全、主动脉瓣关闭不全等风湿性心脏病，以及肺癌、食道癌纵隔肿瘤等疑难重症疾病，其中冠状动脉搭桥。
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